1.使用MyISAM而不是InnoDB
MySQL有很多的数据库引擎，单一般也就用MyISAM和InnoDB。
MyISAM 是默认使用的。但是除非你是建立一个非常简单的数据库或者只是实验性的，那么到大多数时候这个选择是错误的。MyISAM不支持外键的约束，这是保证数据 完整性的精华所在啊。另外，MyISAM会在添加或者更新数据的时候将整个表锁住，这在以后的扩展性能上会有很大的问题。
解决办法很简单：使用InnoDB。
完全错误，反驳理由：
首先原文说MyISAM是默认使用的，而实际上到了MySQL 5.5.x，InnoDB已经成为了默认的表引擎。
另外，简单的使用InnoDB不是解决所有问题的方法，盲目的使用甚至会使应用性能下降10%乃至40%。
最佳方法还是针对具体业务具体处理，例如论坛中版块表，新闻分类表，各种码表等长时间不操作的表，还是要用性能优异的MyISAM引擎。
而需要用到事务处理的例如用户、账目、流水等严格要求数据完整性和时序性的，则需要用InnoDB引擎，并且应用也要用好事务处理机制。当然，事务处理必然要带来大量的性能损耗，但是这在简单高并发应用上是必须的。
最后，外键约束在公共web互联网应用上一般是不用的，因为他会严重影响性能。数据完整性还是靠程序员或者应用架构本身的健壮来维护。而正规的第三范式只是在企业内部MIS系统和12306这种网站上使用。
2.使用PHP的mysql方法
PHP从一开始就提供了MySQL的函数库。很多程序都依赖于mysql_connect、mysql_query、mysql_fetch_assoc等等，但是PHP手册中建议：
如果你使用的MySQL版本在4.1.3之后，那么强烈建议使用mysqli扩展。
mysqli，或者说MySQL的高级扩展，有一些优点：
有面向对象的接口
prepared statements(预处理语句，可以有效防止SQL-注入攻击，还能提高性能)
支持多种语句和事务
另外，如果你想支持多数据库那么应该考虑一下PDO。
不完全错，但要酌情选用：
mysqli固然好，但是不是所有的服务器都为PHP编译了mysqli的支持。
当你的应用如果是能确定只用自己部署的服务器，而应用也是完全自己开发，则mysqli是最好的选择。
但是一旦你的应用有可能部署在虚拟主机或者由其他人部署（例如分布式项目），还是老老实实使用mysql函数集吧，好好封装一下或者使用成熟框架杜绝sql注入。
3.不过滤用户输入
应该是：永远别相信用户的输入。用后端的PHP来校验过滤每一条输入的信息，不要相信Javascript。像下面这样的SQL语句很容易就会被攻击：
_POST["name"];
_POST["password"];
username?AND password=?$password?;"; // run query...
这样的代码，如果用户输入”admin’;”那么，就相当于下面这条了：
SELECT userid FROM usertable WHERE username=?admin?;
这样入侵者就能不输入密码，就通过admin身份登录了。
这一点不用说了，要么MagicQuote，要么选用成熟框架。sql注入老话题了。
4.不使用UTF-8
那些英美国家的用户，很少考虑语言的问题，这样就造成很多产品就不能在其他地方通用。还有一些GBK编码的，也会有很多的麻烦。
UTF-8解决了很多国际化的问题。虽然PHP6才能比较完美的解决这个问题，但是也不妨碍你将MySQL的字符集设置为UTF-8。
大部分情况下对，但也要认真考虑：
要知道，一个UTF-8字符占3个字节，所以比GBK等其他编码的文件大33%。换句话说，相同的网页用UTF-8编码如果是100KB，那么换成GBK 编码则只有66KB。所以即便你的PHP确定要用UTF-8，那么前端页面也要根据情况选择需要的编码。但是，如果PHP用UTF-8，前端模版是 GBK，再加上模版引擎不强大，那么转码工作够你受的。所以尽可能的选用自己需要的编码，而不是简单的选择UTF-8了事。
最后啰嗦一句：UTF-8下：strlen("我")=3，而GBK下：strlen("我")=2
5.该用SQL的地方使用PHP
如果你刚接触MySQL，有时候解决问题的时候可能会先考虑使用你熟悉的语言来解决。这样就可能造成一些浪费和性能比较差的情况。比如：计算平均值的时候不适用MySQL原生的AVG()方法，而是用PHP将所有值循环一遍然后累加计算平均值。
另外还要注意SQL查询中的PHP循环。通常，在取得所有结果之后再用PHP来循环的效率更高。
一般在处理大量数据的时候使用强有力的数据库方法，更能提高效率。
同样酌情考虑：
例如，有些人习惯在建表时，默认值填写CURRENT_TIMESTAMP，用来达到注册时间、发帖时间的效果。 或者在时间判断的SQL语句中，写类似SELECT x FROM tab1 WHERE regdate < UNIX_TIMESTAMP()。那么我只能说，你为系统埋下了很隐蔽的BUG。因为数据库和应用往往不在同一台机器上，时间很容易出现偏差。当你一套 应用的时间参照不准确时，就会出现很大的问题。
正确做法是：不要使用MySQL的任何时间函数，而是在应用里计算时间。如果是分布式应用，一定要有时间服务器来统一管理时间。
而文中说的一些MySQL数学函数 ，也是要慎用。因为在大型应用中，数据库的负担往往是最大的，而复杂的WHERE语句又是造成慢查询的元凶。所以，要把计算尽可能的放在廉价的、不影响全局稳定的应用服务器上，而不是核心数据库上。
6.不优化查询
99%的PHP性能问题都是数据库造成的，一条糟糕的SQL语句可能让你的整个程序都非常慢。MySQL的EXPLAIN statement，Query Profiler，many other tools的这些工具可以帮你找出那些调皮的SELECT。
这点也不用说了，大型应用上甚至不允许使用各种JOIN，哪怕生写两条查询，查回来在用PHP合并数据。
7.使用错误的数据类型
MySQL提供一系列数字、字符串、时间等的数据类型。如果你想存储日期，那么就是用DATE或者DATETIME类型，使用整形或者字符串会让事情更加复杂。
有时候你想用自己定义的数据类型，例如，使用字符串存储序列化的PHP对象。数据库的添加可能很容易，但是这样的话，MySQL就会变得很笨重，而且以后可能导致一些问题。
INT，TinyINT，VARCHAR，CHAR，TEXT这些字段类型的合理选用无可厚非。
而Date、DateTime、TIMESTAMP这三种类型，在大型应用中是绝对不可以使用的，而是要用INT(10) UNSIGNED代替。
一个是性能，另外就是应用中尤其是PHP对UNIX_TIMESTAMP时间戳的转化实在太方便了。用Date要输出各种时间格式反而麻烦。
8.在SELECT查询中使用*
不要使用*在表中返回所有的字段，这会非常的慢。你只需要取出你需要的数据字段。如果你需要取出所有的字段，那么可能你的表需要更改了。
9.索引不足或者过度索引
一般来说，应该索引出现在SELECT语句中WHERE后面所有的字段。
例如，假如我们的用户表有一个数字的ID(主键)和email地址。登录之后，MySQL应该通过email找到相应的ID。通过索引，MySQL可以通过搜索算法很快的定位email。如果没有索引，MySQL就需要检查每一项记录直到找到。
这样的话，你可能想给每一个字段都添加索引，但是这样做的后果就是在你更新或者添加的时候，索引就会重新做一遍，当数据量大的时候，就会有性能问题。所以，只在需要的字段做索引。
索引是必须的，但是如果索引都解决不了的查询，考虑memcache或者nosql解决方案吧。
10.不备份
也许不常发生，但是数据库损毁，硬盘坏了、服务停止等等，这些都会对数据造成灾难性的破坏。所以你一定要确保自动备份数据或者保存副本。
这条是作者凑数么？
11.另外：不考虑其他数据库
MySQL 可能是PHP用的最多的数据库了，但是也不是唯一的选择。 PostgreSQL和Firebird也是竞争者，他们都开源，而且不被某些公司所控制。微软提供SQL Server Express，Oracle有10g Express，这些企业级的也有免费版。SQLite对于一些小型的或者嵌入式应用来说也是不错的选择。
这条相当正确。应用中不仅要针对应用选择其他数据库，甚至还要针对具体的业务类型，在同一套应用中并行使用多种数据库。哪怕不是数据库，而是其他各种缓存、内存存储等解决方案。
